Die Gewässeraufsicht umfasst die Kontrolle der natürlichen Gewässer. Dazu gehört die reguläre Zustandskontrolle, als auch die Anordnung von Maßnahmen bei akuten Störungen. Dies sind zum Beispiel Ölunfälle, sonstige Verschmutzung und auch eine Behinderung des Gewässerabflusses durch umgestürzte Gehölze. Ebenso werden Maßnahmen zum Schutz des Grundwasser angeordnet.Außerhalb der Dienstzeiten der Unteren Wasserbehörde ist die Feuerwehr für die Anordnung von Sofortmaßnahmen zuständig.
Bei größeren Schadenereignissen arbeitet die Gewässeraufsicht eng mit der Feuerwehr, dem technischen Hilfswerk und anderen Behörden der staatlichen Umwetlverwaltung zusammen.